马拉加大学现有21大学院，79个系，100多个专业，有博士、研究生和本科课程。

系科设置为：代数、几何和拓扑学、应用数学、建筑学，土木工程、结构和材料、通讯、机械工程、自动化系统、电子工程、电力工程、化学工程、计算机程序设计、汽车工程、医学工程、微生物学、个体医学、医学史、计算机结构、动物生物学、分子生物学、生物化学、植物生物学、结构化学、政治科学、历史学、广告媒体科学、生殖健康学、财务管理、金融学、政治经济学、社会学、新闻学、美学、公法、私法、音乐学、语言文学、社会和实验数学、组织学、地理和环境、应用经济学、宏观经济学、微观经济学、数学经济学、管理经济学、电子系、护理学、运筹学、药学、图像学、西班牙哲学、文学理论、阿拉伯研究、英语、法语和德语研究、拉美研究、哲学史、财务会计、市场营销、企业管理、应用物理学、物理教育学、地理、疾病史、现代史、教育学、心理学、社会心理学、基础心理学、心理方法学、应用化学、化学、矿物学、放射学、电子技术、教育史、教育经验学。